Wegens haar besloten karakter is de vrijmetselarij altijd een mikpunt van argwaan en onbegrip geweest. Nog voordat in 1734 de eerste loge in Den Haag werd opgericht, circuleerden in Nederland uit het Engels vertaalde schotschriften. Met name de ‘gruwelijke eed’, de vermeende losbandigheid en de vrijmoedige kijk op geloofszaken werden op de korrel genomen. In december 1735 werd de vrijmetselarij door de Staten van Holland en West-Friesland verboden onder voorwendsel van ‘factiën, beroertens en debauches’. Maar vermoedelijk waren het soevereine gezag van de Orde over de loges en de democratische ideeën en praktijken binnen de vrijmetselarij een doorn in het oog van de bewindhebbers en de ware reden voor het verbod.
Ook van kerkelijke zijde werd stelling tegen de vrijmetselarij genomen, waarbij politieke en persoonlijke motieven eveneens een achterliggende rol lijken te hebben gespeeld. Maar noch de antimaçonnieke tendensen in de Pauselijke bullen (vanaf 1738), noch de waarschuwingen van predikanten van de Nederduitsgereformeerde gemeente in Nederland hebben een noemenswaardig effect gehad. Pas na het uitbreken van de Franse Revolutie kregen vrijmetselaars het harder te verduren. In geschriften van John Robison (1739-1805) en Abbe Augustin Barruel (1741-1820) werd in 1797 en 1798 een complottheorie verkondigd: Jacobijnen en ‘filosofen’ zouden in de loge de ondermijning van kerk en staat voorbereid hebben. Hierop volgde een vloed van soortgelijke antimaçonnieke geschriften.
In de tweede helft van de negentiende eeuw waren Pauselijke bullen tegen de vrijmetselarij voornamelijk gericht tegen de Italiaanse nationalisten (en vrijmetselaren) Camillo Benso, graaf van Cavour (1810-1861) en Giuseppe Garibaldi (1807-1882). Franse vrijmetselaren, overwegend katholieken, begrepen deze antimaçonnieke opstelling en de onderliggende reden niet. In Frankrijk werden de pauselijke bullen onder Napoleon III (1808-1873, keizer na 1851) vanaf de kansel gelezen, waardoor ze als kerkwet gingen gelden. Als gevolg hiervan ontstond vanaf 1877 in Frankrijk een expliciet antiklerikale vrijmetselarij. België volgde de Franse tendens, Nederland niet.
Als gevolg van al deze ontwikkelingen werd de vrijmetselarij in de negentiende eeuw vooral met liberalisme geassocieerd. Kort voor 1900 werden de publicaties van de Franse journalist Leo Taxil (pseudoniem van M.J.G.A. Jogand-Pagès, 1854-1907) zeer populair. Van zijn ‘onthullingen’ over duivelsverering in de loges weerklinkt in volksverhalen tot op heden een echo. In sommige landen, met name Frankrijk en Rusland, kregen aanvallen tegen de vrijmetselarij een sterk antisemitisch karakter, culminerend in de publicatie van de beruchte Protocollen van de Wijzen van Zion.
Barruel formuleerde in 1806 de veronderstelling dat Joden de vrijmetselaarsloges gebruikten om tot wereldheerschappij te komen. Vanaf dat moment ging de antimaçonnieke propaganda hand in hand met antisemitisme, dat met name in Frankrijk in de negentiende eeuw zeer sterk was.
Kort na de Dreyfus-affaire (1897-1898) werden op initiatief van de Okhrana (de geheime buitenlandse politie van de Russische Tsaar) onder leiding van Pyotr Ivanovitch Rachkovsky (1853-1910) de beruchte Protocollen van de Wijzen van Zion in het Frans geschreven. Een medewerker van Rachkovsky, Matvei Golovinsky (1865-1920), was vermoedelijk de auteur. Zowel de structuur als inhoud van de Protocollen zijn ontleend aan Maurice Joly’s (1829-1878) Dialogue aux Enfers entre Montesquieu et Machiavel (1864), feitelijk een schotschrift tegen het despotisme van Napoleon III. De Protocollen zijn een aanval op het modernisme van Graaf Sergey Witte (1849-1915), sinds 1892 minister van financiën. Hij werd, overigens zonder zijn naam expliciet te noemen, in de Protocollen gepresenteerd als een werktuig van de Wijzen van Zion, de geheime leiders van een Joods-maçonnieke samenzwering, die de wereldmacht wil grijpen.
De tekst werd direct in het Russisch vertaald, doch pas rond 1905 voor het eerst gepubliceerd. In latere jaren werden nieuwe drukken steeds qua inhoud gewijzigd om een specifiek doel te dienen. In de editie van 1917 werden de Bolsjewieken toegevoegd aan de samenzweerders, en werd het antisemitisme in antizionisme veranderd. In reactie op de Balfour-Declaratie (1917), de Russische revolutie en het einde van de Eerste Wereldoorlog verschenen in 1920 vertalingen in Duitsland, Frankrijk, Engeland en Amerika, en in 1938 in Nederland.
Tot aan de Tweede Wereldoorlog was het in Nederland voornamelijk de katholieke pers die af en toe antimaçonnieke berichten publiceerde. Tijdens de Tweede Wereldoorlog speelden De Protocollen van de Wijzen van Zion een centrale rol in de Nazi-propaganda: de Joden werden gepresenteerd als zondebok voor het Duitse verlies van de Eerste Wereldoorlog. In 1929 verwierf de Nazi-partij de rechten op de Protocollen, waarna ze tot 1938 maar liefst 22 edities liet drukken en de tekst ook in het buitenland inzette. In totaal werden miljoenen exemplaren, en daarmee vooroordelen over zowel het jodendom als de vrijmetselarij, verspreid. De Duitse bezetter verbood in mei 1940 de meeste esoterische organisaties en broederschappen, waaronder de vrijmetselarij, en confisceerde haar bezittingen en logegebouwen. Er werd een grote hoeveelheid expliciet antimaçonnieke propaganda gepubliceerd en er werden tentoonstellingen georganiseerd die het ‘volksvijandige’ karakter van loges propageerden.
De Protocollen van de Wijzen van Zion zijn in de jaren vijftig vertaald in Arabische talen en uitgegeven in zeer grote oplagen. Inmiddels is de publicatie in alle talen op het internet te lezen. In recente jaren hebben spanningen rond de politieke situatie in het Midden-Oosten, als ook de activiteiten van rechts-extremistische organisaties, geleid tot een toename van antizionistische tendensen en - door de voortdurende populariteit van de Protocollen daaraan gekoppelde - antimaçonnieke uitingen.
Met het verdwijnen van de totalitaire regimes leken ook antimaçonnieke uitingen tot het verleden te behoren. Sinds Vaticanum II (1962-1965) is sprake van toenadering tussen de Rooms-Katholieke kerk en de vrijmetselarij. In 1983 verscheen de tweede editie van de Codex. Canon 2335, die een Rooms-Katholiek vrijmetselaar automatisch excommuniceerde, werd hierin vervangen door Canon 1375: ‘Wie lid wordt van een gezelschap dat tegen de Kerk samenspant, worde gestraft met een rechtvaardige straf’. Of een gezelschap, zoals aan vrijmetselaarsorganisatie, als zodanig moet worden gezien, wordt in elk geval afzonderlijk vastgesteld door de Bisschoppenconferentie in het betreffende land. Elke Grootloge (of een lid daarvan) kan om zo’n oordeel vragen. Dat is door de meeste Grootloges, waaronder de Nederlandse, ook gedaan. In vrijwel alle gevallen is hierop een voor de betreffende Grootloge positief antwoord gekomen. Het verbod voor katholieken om lid van de vrijmetselarij te zijn, is daarmee feitelijk opgeheven.