Tegen het einde van de negentiende eeuw veranderde de maatschappelijke positie van de vrouw in de westerse samenleving. In 1893 werd in Frankrijk een vrijmetselaarsorde opgericht, die zowel mannen als vrouwen als lid accepteerde: Le Droit Humain. In Nederland werd de gemengde vrijmetselarij een belangrijke stroming, waartoe de intellectuele en artistieke avantgarde zich aangetrokken voelde. Een eerste loge van de Nederlandse Federatie van de Internationale Orde der Gemengde Vrijmetselarij ‘Le Droit Humain’ werd in 1904 opgericht in Amsterdam. Bij de oprichting was de Theosophical Society rechtstreeks betrokken. Veel van de logeleden waren zowel vrijmetselaar als theosoof. Tot 1945 werden door Le Droit Humain in Nederland ongeveer 29 loges opgericht. In 1919 splitsten drie loges zich af en vormden het Nederlandsch Verbond van Vrijmetselaren, eveneens een gemengde Orde. Beide Orden zijn nog altijd actief, maar hebben beduidend minder leden dan de masculiene Orde van Vrijmetselaren onder het Grootoosten der Nederlanden. Hun geschiedenis is nog nauwelijks in kaart gebracht.
Tussen 1900 en 1945 werden door het Grootoosten der Nederlanden circa 21 loges gesticht. In Nederland zijn in de twintigste eeuw ook loges gesticht van Orden die zeer aan de vrijmetselarij verwant zijn, zoals de (masculiene) Joods-maçonnieke Orde B’nai B’rith (sinds 1924) en (feminiene) Orde der Weefsters ‘Vita Feminea Textura’ (sinds 1947, zie: Vrijmetselarij en vrouwen). In 1969 werd de Grootloge der Gemengde Vrijmetselarij opgericht, de vierde vrijmetselaarsorde die nog altijd actief is in Nederland met een totaal van zes loges. Meer recent werden enkele onafhankelijke vrijmetselaarsloges gesticht, die niet onder het gezag van een Grootloge werken, zoals loge De Ruwe Steen. Daarnaast zijn in Nederland diverse loges actief, die onder gezag van een buitenlandse Grootloge vallen. Het ledental van alle maçonnieke organisaties in Nederland samen telt anno 2008 circa 7000 leden.
Aan het begin van de Tweede Wereldoorlog werd de vrijmetselarij, net als veel andere esoterische organisaties, door de bezetter verboden (zie: Vrijmetselarij als zondebok). De vrijmetselarij werd afgeschilderd als een volksvijandige organisatie en zionistisch complot. Fondsen en bezittingen werden in beslag genomen, vernietigd of verkocht. Sommige leden wisten enkele kostbaarheden tijdig te verstoppen, maar veel historische voorwerpen gingen verloren. De Grootmeester van het Grootoosten der Nederlanden, Hermanus van Tongeren (1876-1941), werd opgepakt en overleed in een kamp. Veel Joodse leden ondergingen hetzelfde lot. In concentratiekampen wisten enkele vrijmetselaren elkaar te vinden en gingen zij - met gevaar voor eigen leven - door met het houden van bijeenkomsten. Ze werkten met geïmproviseerde regalia en rituele voorwerpen.
Na 1945 bleek het ledental van de verschillende Orden sterk afgenomen. Logegebouwen waren door de bezetter en/of geallieerden volledig uitgewoond, ernstig beschadigd of verwoest door bombardementen. Rechtsherstel, waaronder teruggave van fondsen en gebouwen door de Nederlandse overheid, verliep moeizaam. Het grootste deel van de geroofde bibliotheken en archieven werd teruggevonden in Duitsland en geretourneerd, maar het merendeel van de geroofde voorwerpen bleef zoek. Pas in de jaren vijftig waren de meeste loges voldoende hersteld om hun gebouwen te renoveren en de draad weer op te pakken.
In 1960 maakte het regime van Soekarno het voor de Nederlandse loges in Indonesië onmogelijk om hun bijeenkomsten voort te zetten. Een aantal loges werd verplaatst naar Nederland, andere werden opgeheven. Het ledental van de Nederlandse loges steeg in korte tijd aanzienlijk door de grote instroom van vrijmetselaren uit Indonesië (en daalt thans mede door het overlijden van deze generatie voormalig koloniale ingezetenen).